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4D-label free 定量蛋白质组学

4D-label free蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的新一代非标记蛋白组学技术，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。该技术是对传统label free蛋白质组学...

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关键词：蛋白质组定量蛋白质组 4D-label free

4D-label free蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的新一代非标记蛋白组学技术，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。该技术是对传统label free蛋白质组学的升级，其核心是将数据依赖采集（DDA）与同步累积连续碎裂（PASEF）相结合，外加第四维度的离子淌度分离（基于肽段的碰撞截面积CCS），提高离子利用率和鉴定精准度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

实验流程：

应用方向：

◆ 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析；

◆ 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析；

◆ 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选；

◆ 各种物种的蛋白质组草图构建；

◆ 临床微量样本最佳检测方式，如：外泌体、FFPE石蜡切片、活检穿刺组织等。

技术优势：

◆ 4D技术加持，更加适合微量样本；

◆ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；

◆ 采用布鲁克的timsTOF Pro质谱平台，检测速度提升近一倍。

推荐组合产品：

（1）组学“黄金”联合、激酶研究：4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组；

（2）大样本分型研究优选，大分子专属平台，质量与效率双重保障：4D-DIA + 4D-DIA磷酸化蛋白质组。

数据分析：

标准数据分析内容
蛋白质总鉴定数量分析	蛋定与定量结果统计、差异结果统计、火山图、聚类热图
差异蛋白质功能分析	亚细胞定位、结构域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作网络分析
质量控制分析	肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布
高级数据分析内容
WGCNA共表达分析	获得与表型强关联的核心蛋白质
趋势聚类分析	探讨蛋白质的表达趋势模式