ChIRP

原理：RNA纯化的染色质分离技术（Chromatin isolation by RNA purification，ChIRP）方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段或蛋白质就会附在到磁珠上，最后把染色体片段或蛋白质做高通量测序或质谱分析，这样会明确目标RNA能够结合到在基因组的哪些区域。

应用：

主要用于在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作。长非编码RNA（lncRNA）是长达两百个核苷酸以上的转录本。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质，但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性，这说明lncRNA具有重要的生物学意义。细胞中绝大多数lncRNA位于细胞核，它们对应的DNA区域有的与蛋白编码基因重叠，有的位于基因间或者内含子中。在测序技术的帮助下，人们已经发现了数千种lncRNA，但这些lncRNA的生物学功能依然还是个谜。众所周知，要了解一个分子的功能，可以去找它的搭档。2011年，斯坦福大学的Howard Chang教授开发了ChIRP技术，该技术可以在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作，被不同领域的研究者们广泛采用。